分子蒸餾技術作為一種與同步的高新分離技術，具有其它分離技術*的優點:
1、操作溫度低(遠低于沸點)、真空度高(空載≤1Pa)、受熱時間短(以秒計)、分離效率高等，特別適宜于高沸點、熱敏性、易氧化物質的分離;
2、可有效地脫除低分子物質(脫臭)、重分子物質(脫色)及脫除混合物中雜質;
3、其分離過程為物理分離過程，可很好地保護被分離物質不被污染，特別是可保持天然提取物的原來品質;
4 、分離程度高，高于傳統蒸餾及普通的薄膜蒸發器。

短程分子蒸餾器的交換方式
短程分子蒸餾器在運行的過程中其設備的冷凝面以及薄面直接就會直接形成其壓力差，這個所形成的壓力差是整個蒸汽流向的驅動力，設備中微小的壓力降就會直接引起蒸汽出現流動的情況，分子短程蒸餾運行時冷凝面以及沸騰面之間的距離是比較短的。
短程分子蒸餾器在使用的過程中其物料在設備里面所停留的時間是短的，這樣的設備裝置也合適其高粘度的物料，在進行選擇的過程中可以采用其制作材料，都是采用上熱膨脹系數小且化學較穩定的石英玻璃材料。
短程分子蒸餾器運行的過程中其強度是高的，這樣的設備在進行使用的過程中具有強的耐腐蝕的性能，這樣的產品對于大多數的試劑以及化學材料都有好的適用性能。
在進行設計的過程中采用的是科學設計理念以及制造工藝，短程分子蒸餾器中的核心部件是蒸餾塔柱，在進行使用的過程中設備結構直接關系到設備的分離效果。
短程分子蒸餾器在進行選擇的過程中需要選擇其經濟合理的蒸餾溫度，這樣物料在進行加工的過程中才會有較好的穩定性能，蒸氣分子從蒸發面向冷凝面飛射的過程中，兩者之間可能會出現其相互碰撞的情況。
短程分子蒸餾器運行時環境以及柱體之間的熱交換可以避免其傳統的方式，這樣就會直接造成設備出現過度加熱或者保溫導致人為的破壞其平衡所帶來的實驗數據的誤差。