1、使用之前需檢查電源插座是否通電，然后檢查設備電源線是否有破皮裸露金屬線，當一切無誤方可連接電源，并根據實驗要求在觸摸屏上設定好轉速、時間、溫度等參數。
2、放入試驗器皿，要注意放置要對稱，并保持設備運轉的平衡，同時固定夾緊，檢查樣品是否密封好，是否有泄漏。
3、打開側邊總電源開關，開啟電源，設置恒溫溫度(加熱或者制冷)。
4、開啟控制面板上的振蕩開關，設定轉速，設備緩慢啟動，轉速盤跳動，設定觸摸屏振蕩速度，點擊開始，啟動至所需的振蕩頻率。
5、使用完畢后，應當暫定設備運轉，把轉速和控溫旋值調節歸零，關閉側邊電源總開關，拔下設備電源插座，斷開實驗室電源。
6、工作結束后應將搖床內部水分排干，有殘留的情況下選擇對應的清洗劑清洗干凈，檢測設備是否移位，是否有破損碰撞，檢查完畢，開啟搖床紫外殺菌燈，進行滅菌消毒。對于搖床的消毒，以下幾點同樣需要注意：
1)在補充水時把水加熱一下，達到培養箱的溫度，先用75%酒精擦拭內壁，通風10分鐘，紫外線照射30分鐘即可。
2)甲醛熏蒸，然后開始排殘，起碼要一個星期才可以讓甲醛散盡，要不細胞長不好的。有的搖床能加熱內壁到90度，也有的帶有紫外線功能，應每周用酒精擦洗內部一次。
3)一般情況下可用75%的酒精擦拭內壁，然后用甲醛高錳酸鉀熏蒸一個晚上，然后通風一整天。
4)把培養箱里的板層拿出來高壓一下，箱壁用75%酒精擦一遍，換用詩樂氏擦一遍，再紫外照一夜，效果很好。
5)把平皿高壓滅菌后，在無菌操作臺內加入適量的滅菌雙蒸水或者生理鹽水，再加少量新潔爾滅，濃度沒關系，細胞養的都可以。