固體萃取和液-液萃取相比，其長處在于方便和消耗試劑少，短處在于批次間的重復性難以保證。出現這種情況的原因在于：液體試劑的重復性好，只要其純度可靠，不同年代的產品的物理化學性質都是可靠的。而固體萃取劑就算保證了純度外，還存在著顆粒度的差異，外形的差異等液體試劑不存在的且難以衡量的因素，不同年代不同批號的萃取性質可能會有較大的區別。 

    SPE固相萃取裝置不適于處理固體樣品。對于固體，必須將其先制備為液體形態才能進行固相萃取操作，這一點就遠不如液體萃取了。即使是液體樣品，固相萃取也有其額外的苛刻要求，即液體必須潔凈度高，不能有懸浮物或其它固體顆粒，否則會在柱前形成堵塞，無法繼續過柱及洗脫操作。所以固體樣品要制備成液體，液體樣品還要過濾。相比來說，溶劑萃取就不存在這個麻煩，稍臟點也影響不大。另外SPE固相萃取裝置的結構很簡單，除了塑料管，只有篩板和填料了。就這簡單的結構，帶來了便利，也帶來了與生俱來的矛盾，一些我們在用溶劑萃取時永遠不會遇到的矛盾。